Programme defekt nach Backup mit Time Machine

Nabend,

ich habe gerade ein Backup mit Time Machine gemacht und dabei diverse Programme laufen lassen.
Das scheint wohl nicht so toll gewesen zu sein, denn jetzt gehen diese Programme nicht mehr richtig.

Mail greift nur noch auf einen der 4 Accounts zu, Firefox kann bestimmte Seiten nicht mehr öffnen uns Transmit (FTP-Programm) verbindet sich nicht mehr zu meinem Server.

Gibt es da irgendeine Lösung? Bestimmte Dateien wieder per Time Machine zurückholen hat alles nur noch schlimmer gemacht bzw. die Einstellungen der Programme scheinbar komplett gelöscht.
Nachdem ich die Library von dem Backup auf der externen Platte mit der Libraryauf dem Rechner ersetzt habe, kam das alte Hintergrundbild wieder, Mail hat die Accounts wieder gefunden und Firefox hat alle Einstellungen und Favoriten wieder drin. Leider bestehen die Probleme nach wie vor.

Manches kann einfach nicht auf das Internet zugreifen…

Hiiilfeeee!