Wie soll ich denn mit dieser Meldung umgehen?

Ich drücke mal Däumchen, dass das klappt. Im Augenblick gbit es vor macOS 10.14 viele Fallstricke im Umgang mit Time Machine - reche damit, falls Du die externe Festplatte in APFS formattiert haben solltest (vor 10.14), das Time Maschine nicht auf das Laufwerk schreiben kann. Das hat etwas mit der Verlinkung zu tun, die nur noch direkt erfolgen darf und damit das Konzept von Time Machine korrupiert. Irgendwie ist das nicht mehr Apple like - schon deswegen bin ich noch auf Sierra (10.12).