irgendwie unglaublich! das hauptproblem ist nicht das os, sondern sitzt ungeduldig davor! sorry, aber wenn jemand mit formatierungstools an seiner backupplatte, die nicht einmal mac-std-konform partitioniert ist, rumdoktert und sich dann wundert, wenn plötzlich was schief läuft, naja … 
Edit: die generelle Vorgehensweise und der daraus entstandene Schaden, wundert mich dennoch, und ist klar ein Bug, wenn alle Optionen richtig gesetzt waren,…
Dennoch immer Vorsicht mit solchen Tools walten lassen,…
ich kann dir auch tausend andere fallen nennen, wobei du dir unter windows deine gesamten daten schießen kannst. was die tastatur-kommandos unter windows betrifft, dass ist ja nun wirklich ein horror, nenne mir 10 Programme unterschiedlicher hersteller, die die selben kommandos für die gleichen std-funktionen verwenden, wie drucken oder suchen!?
und ich nennen dir dann 20, die es nicht tun!
um deine eingangsfrage ganz einfach zu beantworten;
ja in der tat, hat der finder hin- und wieder probleme werte richtig anzuzeigen. aber bist mal auf die idee gekommen, dass es systemordner gibt, die erstens versteckt sind (/etc, /usr, /var, usw), und dass du in weitere ordner u.U. keine leseberechtigungen hast? keine leseberechtigung=keine kapazitätsermittlung)! Das gilt für weitere benutzerverzeichnisse und für einige systemspezifischen ordner! dann gibt es ja noch die cachefolder,…
öffne terminal, gebe ein:
cd /
ls -al
was siehst du dann? alle Objekte im rootverzeichnis. leider zeigt ls nicht ordnergrößen recursive an, also die größe des kompl. inhaltes. ich kann dir nur -file buddy- empfehlen, dieser kann als root (aber vorsicht!), alles zeigen, auf was du lustisch bist!
und noch was am rande, in ein bis zwei jahren wirst du über windows und deine heutigen mac-probleme nur lachen können, wenn du weiter dran bleibst!